华佗国药厂最早是一家酵母厂，地址在里仁街。上世纪七十年代中期，由酵母厂的原班人马，组成了亳县阿胶厂，性质是集体企业。以生产阿胶膏为主，附带生产雪梨膏、益母草膏等。

1980年，亳县阿胶厂更名为亳县华佗国药厂，也迎来了改制前最辉煌的时候。82年到85年，是效益最好的时候。很快，便开始走下坡路。1997年，工厂就彻底维持不下去了，全面停产。1998年，华佗国药厂被安徽省井中集团收购，并更名为安徽省华佗国药厂，性质也从一家国有企业变成了民营企业。

1998年安徽井中集团一次性斥资718万元，竞拍成功，全资收购国有企业亳州市华佗国药厂，陆续投资8500余万元，进行了GMP改造，于2001年12月28日一次性通过国家GMP认证。

2006年10月28日顺利通过二次认证，企业生产设备和检验设备配套先进、合理，产品有片剂、丸剂、胶囊剂、颗粒剂、单味药颗粒、中药饮片6大剂型，现有国药准字号品种78多个，现有职工785人，资产总额1.25亿元。厂内建有“安徽华佗现代中药研发中心”“安徽省技术中心”“安徽省中药材检测中心”其注册商标“华佗”2005年被评为“安徽省著名商标”，2006年被认定为“中国驰名商标”，紧紧依靠亳州药都中药材集散地的优势，抓质量，重疗效，树品牌，以“用良心制好药”为企业经营理念，以药品质量和优质服务赢得市场，企业发展势头良好。